آموزش کار با آلفافولد

امروزه مدلسازی و پیش بینی ساختار پروتئین ها یکی از مهمترین بخش های تحقیقات زیست شناسی و پزشکی مدرن شده.

ابزارهای مختلفی روز به روز دراین زمینه معرفی میشه. یکی از معروف ترین و پرکاربردترین ابزارها AlphaFold هست.

با این که همه ی نسخه های آلفافولد به صورت رایگان عرضه شده، اما اجرای این مدل ها نیاز به سرور و سخت افزار قوی داره.

اما نگران نباش! برای هر مسئله ای راه حل وجود داره!

اگه میخوای خیلی راحت و سریع ساختار پروتئین ها رو با استفاده از آلفافولد پیش بینی کنی:

  وارد این لینک شو.

https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb

 اطلاعات خواسته شده رو مطابق راهنما وارد کن و نوت بوک رو run کن.

بعد از اجرای نوت بوک، ساختارهای مورد نظرت آماده میشه.

به همین راحتی!

حتما حتما برای اینکه بتونی ساختارهای مناسب و دقیقی رو برای پروتئین ها پیش بینی کنی، این مقاله ی آموزشی نیچر

 (https://www.nature.com/articles/s41596-024-01060-5 ) و مقاله ی ColabFold (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35637307/ ) رو بخون!

این هم یک آموزش خوب دیگه:

https://www.ebi.ac.uk/training/online/courses/alphafold/