وقتی یک پروتئین افسارِ سرطان را پاره می‌کند...
سرطان سینه، یکی از شایع‌ترین تومورهای بدخیم در میان زنان، گاهی‌اوقات با یک بازیگر کلیدی وارد فاز تهاجمی‌تری می‌شود: پروتئین HER2.
در حدود ۲۰٪ از موارد، ژنی به نام ERBB2 بیش‌ازحد فعال می‌شود (overexpression) و پروتئین HER2 در غشای سلولی تجمع پیدا می‌کند. این تجمع، باعث فعال شدن بی‌رویه‌ی مسیرهای سیگنالینگ می‌شود و رشد و تکثیر سلول‌ها از کنترل خارج می‌شود...
چطور HER2 رو بهتر بشناسیم؟
برای تحلیل دقیق این پروتئین (از ساختار گرفته تا نقش اون در بیماری)، پایگاه داده‌ی UniProt یکی از بهترین منابع است.
شناسه‌ی HER2 در UniProt P04626
از این صفحه می‌تونی اطلاعات خیلی ارزشمندی رو استخراج کنی:
توالی کامل و دامین‌های عملکردی
محل بیان در سلول و ویژگی‌های شیمیایی-فیزیکی
مسیرهای زیستی و تعاملات پروتئینی
واریانت‌ها و جهش‌های بیماری‌زا
لینک به پایگاه‌های مکمل مثل PDB، KEGG، Reactome، Ensembl
پایگاه داده UniProt چیه؟ و چرا باید بشناسیمش؟
درواقع UniProt فقط یه دیتابیس نیست؛ یه مرجع جامع، دقیق و همیشه به‌روز برای شناخت دنیای پروتئین‌هاست که به سه بخش اصلی تقسیم میشه:
UniProtKB:
اطلاعات علمی دقیق در مورد پروتئین‌ها
UniRef:
خوشه‌بندی هوشمند توالی‌ها
UniParc:
آرشیو کامل و بدون حذف توالی‌ها
چطوری ازش استفاده کنیم؟
کافیه به www.uniprot.org بری و هر چیزی رو که نیاز داری جستجو کنی:
نام پروتئین (HER2)
نام ژن (ERBB2)
شناسه UniProt
یا حتی شناسه‌های دیگه مثل NCBI، Ensembl، PDB
نتیجه؟ یه صفحه‌ی کامل و تمیز از:
عملکرد زیستی و ساختاری
جهش‌ها و مسیرهای مرتبط
تعاملات پروتئینی و منابع مکمل
ابزارهای حرفه‌ای مثل BLAST، دانلود دیتا، و API
اگه به دنیای سرطان، بیوانفورماتیک یا طراحی دارو علاقه داری، UniProt یه پایگاه داده طلاییه..
