وقتی یک پروتئین افسارِ سرطان را پاره می‌کند...    سرطان سینه، یکی از شایع‌ترین تومورهای بدخیم در میان زنان، گاهی‌اوقات با یک بازیگر کلیدی وارد فاز تهاجمی‌تری می‌شود: پروتئین HER2.    در حدود ۲۰٪ از موارد، ژنی به نام ERBB2 بیش‌ازحد فعال می‌شود (overexpression) و پروتئین HER2 در غشای سلولی تجمع پیدا می‌کند. این تجمع، باعث فعال‌ شدن بی‌رویه‌ی مسیرهای سیگنالینگ می‌شود و رشد و تکثیر سلول‌ها از …

ادامه مطلب

این مقاله به بررسی و تحلیل کاربردهای یادگیری ماشین (Machine Learning) و مدل‌سازی QSAR/QSPR (Quantitative Structure-Activity/Property Relationship) در پیش‌بینی تعاملات بین مولکول‌های آلی و سیکلودکسترین‌ها می‌پردازد. ادغام یادگیری ماشین با QSAR/QSPR می‌تواند به توسعه داروهای جدید و بهینه‌سازی فرایندهای صنعتی کمک کند و امید است با پیشرفت‌های مداوم در تکنیک‌های یادگیری عمیق و افزایش دسترسی به داده‌ها، انتظار می‌رود که این حوزه رشد بیشتری داشته باشد.    سیکلودکسترین‌ها: ترکیبات حلقوی …

ادامه مطلب

اصول Deep QSAR  در QSAR سنتی، از توصیف‌گرهای عددی مولکولی استفاده می‌شود که جدا از مرحله یادگیری مدل هستند.  در Deep QSAR، تعبیه‌های مولکولی (molecular embeddings) از داده‌های خام )مثل SMILES یا گراف شیمیایی( استخراج می‌شوند و همزمان با یادگیری مدل بهینه می‌شوند.  این روش می‌تواند وظایف بهینه‌سازی چندهدفه (multi-objective) را بهتر مدیریت کند و از انتقال دانش (transfer learning) بهره ببرد.   تولید مولکول‌های جدید (Generative Modelling)e Deep QSAR …

ادامه مطلب

 داروها علاوه بر مزایای فراوان در سلامت انسان و حیوانات، می‌توانند از طریق باقی‌مانده‌های دارویی وارد محیط زیست شوند و به اکوسیستم‌ها آسیب برسانند. آلودگی‌های دارویی پایدار در محیط زیست (EPPPs) می‌توانند اثرات مخربی بر موجودات غیرهدف و زیست‌بوم‌ها داشته باشند. برای مثال، باقی‌مانده‌های داروهای ضدبارداری می‌توانند باعث تغییر جنسیت ماهی‌ها و موجودات آبزی شوند و باقی‌مانده‌های داروهای روان‌پزشکی رفتار ماهی‌ها را تغییر دهند. همچنین، آلودگی آنتی‌بیوتیکی به مقاومت میکروبی …

ادامه مطلب

یکی از مشکلات اصلی در صنعت داروسازی، زمان‌بر بودن و هزینه‌ی بسیار بالای کشف و توسعه‌ی داروهای جدید است. طبق آمار، تولید یک دارو حدود ۱۰ تا ۱۵ سال طول می‌کشد و هزینه‌ی آن ممکن است به چند میلیارد دلار برسد. حتی با این همه هزینه و زمان، تقریباً ۹۰ درصد داروها در مراحل آزمایش‌های بالینی شکست می‌خورند. این شکست‌ها معمولاً به دلایلی مثل اثربخشی پایین دارو، ویژگی‌های نامطلوب فارماکوکینتیکی …

ادامه مطلب

این مطالعه یک سیستم هوش مصنوعی پیشرفته را برای تشخیص و ارزیابی بیماری آلزایمر (AD) از طریق ضبط صدای بیماران ارائه می‌دهد. روش‌های سنتی تشخیص آلزایمر، مانند تصویربرداری از مغز، آزمایش‌های شناختی و بررسی‌های آزمایشگاهی، معمولاً هزینه‌بر، تهاجمی و به سختی در دسترس هستند. سیستم هوش مصنوعی پیشنهادی، یک روش غیرتهاجمی، کم‌هزینه و کارآمد را ارائه می‌دهد که می‌تواند برای تشخیص زودهنگام و کنترل مداوم آلزایمر مورد استفاده قرار گیرد. …

ادامه مطلب

     این دیتابیس یک منبع گسترده و جامع در حوزه لیپیدها است که برای دسترسی به اطلاعات ساختاری، بیوشیمیایی و متابولیکی طیف وسیعی از ترکیبات لیپیدی طراحی شده است و تحت نظر چندین مرکز تحقیقاتی برجسته، از جمله دانشگاه کالیفرنیا سن‌دیگو (UCSD) مدیریت می‌شود.      اهداف و خصوصیات این دیتابیس:      Lipid Classification:     - شامل بیش از 40,000 مولکول لیپیدی با طبقه‌بندی دقیق براساس سیستم استاندارد LIPID MAPS  …

ادامه مطلب

این دیتابیس یک منبع گسترده بیوانفورماتیکی است که برای دسترسی به اطلاعات ژنتیکی طیف وسیعی از گونه‌ها طراحی شده که زیر نظر موسسه بیوانفورماتیک اروپا(EBI) و موسسه ولکام سنگر است.    اهداف و خصوصیات این دیتابیس: Genome Annotation:   تفسیر جامعی از ژنوم شامل ژن‌ها، رونوشت‌ها، پروتئین‌ها و عناصر تنظیمی را در اختیار کاربران قرار میدهد. همچنین گونه‌هایی شامل مهره‌داران، ارگانسیم‌های مدل و هر ارگانیسمی که به مطالعات زیستی مربوط باشد …

ادامه مطلب

در آخرین روزهای سال 1403، دومین دورهمی دوستانه ما با حضور گرم شما عزیزان برگزار شد. این رویداد صمیمی، فضایی عالی برای تبادل نظر و گفتگو درباره روش‌های in silico در کشف داروهای طبیعی و همچنین بررسی نقش کاروتنوئیدها در درمان COVID-19 بود.    ما از همه شما عزیزانی که به صورت حضوری و آنلاین ما را همراهی کردید، صمیمانه سپاسگزاریم. این گپ و گفت‌های علمی با حضور شما، نه …

ادامه مطلب

سال 1403 برای رایازیست‌آزما سرشار از تجربه‌های نو و پیشرفت‌های چشمگیر بود. از آغاز رسمی آزمایشگاه زیست‌شناسی محاسباتی در شهریور، تا برگزاری چهار وبینار تخصصی با عنوان From Data to Discovery, From Code to Cure، ما گام‌های مؤثری در راستای توسعه دانش و ارتقاء توانمندی‌های علمی برداشتیم. حضور در رویدادهای معتبر علمی نظیر چهاردهمین کنگره بین‌المللی بیوانفورماتیک، کنگره فارماکوژنتیک و نمایشگاه دستاوردها و توانمندی‌های رویان، فرصتی بی‌نظیر برای به اشتراک‌گذاری …

ادامه مطلب