چرا وقتی صحبت از گراف میشه، پای ماتریس هم وسط میاد؟

۰۲ مهر ۰۴ مطالب آموزشی هوش مصنوعی ، بیوانفورماتیک ، bioinformatics ، Neural Networks ، matrix ، ماتریس ، algebra ، جبر ، گراف ، Graph ، شبکه عصبی
چرا وقتی صحبت از گراف میشه، پای ماتریس هم وسط میاد؟
  واقعیت اینه که یکی از بهترین روش‌های نمایش گراف، ماتریس مجاورت (Adjacency Matrix) هست. تو این روش هر راس می‌شه یه سطر و ستون، اگه بین دو راس ارتباط باشه عدد ۱ می‌ذاریم و اگه نباشه ۰. همین ماتریس ساده کلی اطلاعات مهم به ما می‌ده: درجه هر راس رو می‌تونیم از جمع سطر یا ستون به دست بیاریم، تعداد مسیرها رو با توان‌های مختلف ماتریس حساب کنیم و …
ادامه مطلب

چرا یه زیست‌شناس باید گراف بلد باشه؟

۰۲ مهر ۰۴ مطالب آموزشی بیوانفورماتیک ، زیست شناسی محاسباتی ، زیست شناسی ، bioinformatics ، computational biology ، biology ، گراف ، شبکه ، Graph ، network
چرا یه زیست‌شناس باید گراف بلد باشه؟
وقتی اسم گراف میاد، خیلی‌ها یاد یک مفهوم در علم ریاضی می‌افتن!  اما واقعیت اینه که دنیای زیست‌شناسی پر از شبکه‌هاست، و گراف بهترین زبون برای خوندن این شبکه‌هاست.     گراف یعنی مجموعه‌ای از نقطه‌ها (راس‌ها) و خط‌ها (یال‌ها) که نشون می‌ده کی به کی وصله. حالا بذار ببینیم تو زیست چه جوریه: شبکه پروتئین‌ها (PPI): پروتئین‌ها تنها کار نمی‌کنن؛ دست به دست هم می‌دن. هر پروتئین یه راسه …
ادامه مطلب

اگر هر دارو یک شناسنامه داشت...

۲۴ شهریور ۰۴ مطالب آموزشی هوش مصنوعی ، بیوانفورماتیک ، رایا زیست آزما ، ریاضی ، ماشین لرنینگ ، RayaZistAzma ، machine learning ، matrix ، algebra ، طراحی دارو ، drug design ، matrices ، جبر
اگر هر دارو یک شناسنامه داشت...
همون‌طور که ما آدما شناسنامه داریم (اسم، سن، قد و …)، داروها هم می‌تونن یک شناسنامه عددی داشته باشن.     این شناسنامه در علم به اسم ماتریس ویژگی داروها (Feature Matrix) شناخته می‌شه. مثلاً: دارو A → وزن مولکولی 300، محلول در آب، ۲ پیوند هیدروژنی دارو B → وزن مولکولی 450، چربی‌دوست، ۵ پیوند هیدروژنی وقتی صدها یا هزاران دارو رو کنار هم بذاریم، یک جدول بزرگ تشکیل …
ادامه مطلب

ماتریس ویژگی داروها؛ شناسنامه عددی مولکول‌ها

۲۱ شهریور ۰۴ مطالب آموزشی هوش مصنوعی ، بیوانفورماتیک ، رایا زیست آزما ، برنامه نویسی ، RayaZistAzma ، bioinformatics ، یادگیری ماشین ، machine learning ، طراحی دارو ، drug design
ماتریس ویژگی داروها؛ شناسنامه عددی مولکول‌ها
هر دارو یا مولکول یک ساختار پیچیده شیمیایی دارد، اما برای اینکه رایانه‌ها بتوانند آن را تحلیل کنند، باید این ساختار به زبان اعداد ترجمه شود. اینجاست که ماتریس ویژگی داروها (Feature Matrix) وارد عمل می‌شود.     در این ماتریس، هر دارو به صورت یک ردیف و هر ویژگی (Feature) به صورت یک ستون نمایش داده می‌شود: ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی: وزن مولکولی، LogP، بار الکتریکی… ویژگی‌های ساختاری: تعداد حلقه‌های آروماتیک، …
ادامه مطلب

ماتریس‌ها؛ زبان پنهان طراحی دارو

۱۷ شهریور ۰۴ مطالب آموزشی بیوانفورماتیک ، زیست شناسی ، computational biology ، matrix ، ماتریس ، طراحی دارو ، داروسازی ، biology ، drug design
ماتریس‌ها؛ زبان پنهان طراحی دارو
شاید وقتی اسم ماتریس میاد یاد کلاس ریاضی بیفتید، اما همین ماتریس‌ها قلب تپنده خیلی از پیشرفت‌های امروزی در طراحی دارو هستن. ماتریس‌ها به ما اجازه می‌دن: خواص شیمیایی هزاران مولکول رو در یک جدول منظم ذخیره کنیم. برهم‌کنش داروها با پروتئین‌ها رو در قالب یک Drug–Target Matrix نشون بدیم. شبکه‌های زیستی مثل ارتباط ژن‌ها و پروتئین‌ها رو مدل کنیم. حرکت هزاران اتم رو در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی دنبال کنیم. …
ادامه مطلب

نمایش روابط در سیستم‌های زیستی با ماتریس

۱۵ شهریور ۰۴ مطالب آموزشی بیوانفورماتیک ، زیست شناسی محاسباتی ، جبر خطی ، bioinformatics ، matrix ، ماتریس ، algebra
نمایش روابط در سیستم‌های زیستی با ماتریس
در سیستم‌های زیستی، اجزایی مثل ژن‌ها، پروتئین‌ها یا متابولیت‌ها با یکدیگر ارتباط دارند. این ارتباط می‌تواند به صورت فعال‌سازی، مهار کردن یا بی‌اثر بودن باشد. برای ذخیره این روابط به شکلی که بتوانیم آن را محاسبه کنیم، از چیزی به نام ماتریس مجاورت استفاده می‌کنیم. در این ماتریس، هر سطر نشان می‌دهد یک جزء روی کدام اجزای دیگر اثر می‌گذارد و هر ستون نشان می‌دهد یک جزء از کدام اجزای …
ادامه مطلب

دعوت به کنگره بین‌المللی رویان

۱۳ شهریور ۰۴ رویدادها پژوهشگاه رویان ، نمایشگاه
دعوت به کنگره بین‌المللی رویان
  با افتخار از شما دعوت می‌کنیم در کنگره بین‌المللی رویان که در تاریخ ۱۲ تا ۱۴ شهریور ۱۴۰۴ در مرکز همایش‌های بین‌المللی دانشگاه شهید بهشتی برگزار می‌شود، حضور یابید. رایا زیست آزما در این رویداد علمی حضور خواهد داشت و آماده دیدار با پژوهشگران، اساتید و علاقه‌مندان حوزه زیست‌محاسباتی است. منتظر دیدار شما در غرفه رایا زیست آزما هستیم.
ادامه مطلب

چرا مدل‌سازی ریاضی برای زیست‌شناسان ضروری است؟

۰۴ شهریور ۰۴ مطالب آموزشی ریاضی ، زیست شناسی ، computational biology ، مدلسازی ریاضی
چرا مدل‌سازی ریاضی برای زیست‌شناسان ضروری است؟
زیست‌شناسی مدرن دیگر فقط توصیف موجودات زنده نیست؛ امروز این علم تحلیلی، کمی و پیش‌بینی‌گر شده است. مدل‌سازی ریاضی به زیست‌شناسان کمک می‌کند:     درک بهتر پدیده‌های پیچیده با مدل‌ها می‌توان فهمید تغییر یک عامل (مثل غلظت آنزیم) چگونه کل سیستم را تغییر می‌دهد. مثال: پیش‌بینی اثر مهار یک پروتئین در توقف رشد تومور.   پیش‌بینی بدون آزمایش پرهزینه یا غیرممکن مدل‌ها می‌توانند سناریوهای مختلف را شبیه‌سازی کنند. مثال: …
ادامه مطلب

شبکه‌های عصبی چیست؟ مدل یادگیری ماشین الهام گرفته از مغز انسان

۰۲ شهریور ۰۴ مطالب آموزشی بیوانفورماتیک ، رایا زیست آزما ، برنامه نویسی ، ماشین لرنینگ ، RayaZistAzma ، machine learning ، DNN ، Neural Networks ، شبکه های عصبی ، Deep Learning ، یادگیری عمیق
شبکه‌های عصبی چیست؟ مدل یادگیری ماشین الهام گرفته از مغز انسان
شبکه‌های عصبی، یکی از پیشرفته‌ترین مدل‌های یادگیری ماشین هستند که از ساختار مغز انسان الهام گرفته‌اند. اما چطور؟     مغز ما از میلیون‌ها سلول عصبی یا «نورون» تشکیل شده که به هم متصل‌اند و با هم کار می‌کنند تا اطلاعات را پردازش کنند. شبکه‌های عصبی هم از تعداد زیادی نورون مصنوعی ساخته شده‌اند که لایه‌لایه به هم متصل‌اند.     هر نورون ورودی‌هایی می‌گیرد، آن‌ها را با وزن‌های خاصی …
ادامه مطلب

درخت تصمیم چیست؟ مدل یادگیری ماشین شبیه به گرفتن تصمیم‌های روزمره

۳۰ مرداد ۰۴ مطالب آموزشی هوش مصنوعی ، بیوانفورماتیک ، ماشین لرنینگ ، AI ، machine learning ، ai ، decision tree ، درخت تصمیم
درخت تصمیم چیست؟ مدل یادگیری ماشین شبیه به گرفتن تصمیم‌های روزمره
درخت تصمیم یکی از مدل‌های محبوب یادگیری ماشین است که شبیه یک نمودار شاخه‌دار کار می‌کند. تصور کنید می‌خواهید تصمیم بگیرید که آیا امروز لباس گرم بپوشید یا نه. برای این تصمیم، ممکن است چند سوال بپرسید: آیا هوا سرد است؟ آیا باران می‌آید؟ آیا فردا قرار است بیرون بروید؟     هر سوال مثل یک شاخه در درخت است. بر اساس جواب‌ها، مسیرهای مختلفی را طی می‌کنید تا به …
ادامه مطلب

جستجو در مقالات

سبد خرید